Yo también tengo el mismo problema que tú... Un pequeño arreglo que puedes hacer, para ver TODAS las carpetas disponibles en el correo de Outlook (si es con este tipo de cuentas donde estás teniendo el fallo), es irte, en Thunderbird, a la Configuración de la cuenta, pulsas sobre Configuración del servidor, Avanzadas, y en la ventana que te aparece, desmarca la opción de Mostrar sólo las carpetas suscritas.

De esta manera yo he conseguido que se me vean todas las carpetas que tengo en el correo de Outlook, aunque no hay forma de conseguir sólo suscribirme a las que me interesan...